复合微生物肥料是把无机营养元素、有机质、微生物菌有机结合于一体，体现无机化学肥料、有机肥料以及微生物肥料的综合效果，是化解土壤板结现象，修复和调理土壤，提高化学肥料利用率，减少江河污染，减少病虫害发生，增强农作物的抗逆能力，提高农作物果实品质和产量的肥料。

复合微生物肥料在农作物上推广应用，不仅可以提高无机肥料的有效利用率，应用试验表明：用枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、嗜热脂肪地芽孢杆菌生产的复合微生物肥料连续使用两年以上，土壤中有益放线菌数量增加8.4倍，固氮菌增加39倍，从而达到活化、蔬松土壤，提高土壤肥力的作用，有益微生物菌的大量繁殖，可以把多年沉积固定在土壤中的化学肥料活化后再一次供农作物吸收利用。

同时土壤中侧孢芽孢杆菌数量的增加，对土传性病害以及根结线虫能进行有效生物防治，其防治率可高达70-80%，与化学农药防效相当。从而减少化学农药的使用量，提高农作物的品质和产量以及抗重茬的能力。